Zatrudniona jest w MSZ od 2002 roku. Pracowała w Departamencie Strategii i Planowania Polityki Zagranicznej, w  latach 2005 do 2009 w  Stałym Przedstawicielstwie Rzeczypospolitej Polskiej przy Narodach Zjednoczonych w  Nowym Jorku, a  od 2009 w  Departamencie Zagranicznej Polityki Ekonomicznej. Od 2010 roku pełniła funkcję zastępcy dyrektora w Departamencie Polityki Ekonomicznej a następnie dyrektora Departamentu Współpracy Ekonomicznej. Pracowała również - w  ramach programu stażowego KE - w  Komisji Europejskiej, w  Dyrekcji Generalnej Polityka Przedsiębiorstw oraz w Centrum ds. Energii i Polityki Publicznej na uniwersytecie Columbia. Katarzyna Kacperczyk jest absolwentką Instytutu Stosunków Międzynarodowych Uniwersytetu Warszawskiego oraz sekcji prawa Europa Institut na Universität des Saarlandes w Saarbrücken. Ukończyła prestiżowy Columbia University w Nowym Jorku, gdzie oprócz studiów ekonomicznych ukończyła dodatkową specjalizację w zakresie zarządzania rynkami energii. Studiowała również w Szkole Głównej Handlowej w ramach Programu Studiów Europejskich realizowanego wspólnie z  francuska uczelnią Institut d’Etudes Politiques. Jest stypendystką DAAD. W 2011 roku odznaczona została przez Prezydenta RP Złotym Krzyżem Zasługi. Włada biegle j. niemieckim, angielskim i  francuskim, roboczo używa również j. włoskiego, rosyjskiego i arabskiego.